Чтобы рекурсивно задать директориям права доступа чтение и выполнение пишем:
find /path/to/base/dir -type d -exec chmod 755 {} +
Чтобы рекурсивно задать папкам права доступа чтение пишем::
find /path/to/base/dir -type f -exec chmod 644 {} +
Или, если папок сильно много:
chmod 755 $(find /path/to/base/dir -type d) chmod 644 $(find /path/to/base/dir -type f)
Или для уменьшения процессов chmod:
find /path/to/base/dir -type d -print0 | xargs -0 chmod 755 find /path/to/base/dir -type f -print0 | xargs -0 chmod 644